Le site Natura 20000 comprend 97% de surfaces boisées. De ce fait, de nombreuses activités socio-économiques se sont développées, bien avant la création du site Natura et se poursuivent. Il est nécéssaire de bien connaitre la nature de ces activités afin de trouver un équilibre entre préservation des habitats d'intéret communautaire et vie socio-économique du site.
Sylviculture:
La sylviculture est très présente sur la quasi totalité du site. La forte humidité des sols vient néanmoins restreindre les surfaces d'exploitation de certaines zones boisées humides. On compte environ 80 % de la surface du site en forêts privées réparties sur 274 hectares d'un parcellaire très morcellé. Ces forêts privées sont dotées d'un plan Simple de Gestion sur une surface de 18 hectares.
Les forêts communales sont représentées à hauteur de 17 % de la surface soit environ 65 hectares .Celles -ci relèvent du régime forestier et sont gérées par l'ONF, qui s'appuie sur des documents d'aménagement.
La gestion sylvicole est fonction du type de forêt:
- Plantation de pins sylvestres:
- Plantation de robiniers faux acacias
- Forêts en milieux humides
Chasse
La chasse est assez présente sur le site Natura, partagé entre les 3 communes. Chaque commune possède une société de chasse. De plus, la commune d'Appoigny compte 6 sociétés de chasse privées ainsi qu'une activité de piégeage des renards et mustélidés. La commune de Fleury-la-Vallée comprend également 2 sociétés de chasse privées. La chasse au grand gibier reste globalement prioritaire bien que la chasse au petit gibier fut traditionnelle et reste bien présente.
Loisirs et tourisme
Très peu d'activités touristiques et de loisirs ont été recensés sur le site. Il existe un ancien chemin pédestre, actuellement délaissé et peu connu. Néanmoins, un projet de remise en état est prévu par la communauté d'Agglomération de l'Auxerrois et l'Office du Tourisme. Il aura notamment pour objectif de sensibiliser sur les enjeux et menaces du site Natura et permettra de le découvrir tout en le préservant.
Un ancien terrain de motocross existait dans les années 2000 mais il est aujourd'hui peu utilisé. Malheureusement, cette pratique s'est étendue sur tout le site de façon "sauvage" et en hors-piste assez fréquemment, au détriment de la préservation de certains habitats rares et fragiles.
Agriculture
L'activité agricole est très peu représentée sur le site, elle ne concerne que quelques hectares de prés et de champs en bordure du site.
Aéroport
L'aéroport d'Auxerre-Branches existe depuis 1973. Il est soumis à un plan de servitude aéronautique (PSA) qui n'a jamais été appliqué malgré la présence de nombreux arbres dépassant la limite autorisée par ce PSA. Après un contrôle de la DGAC, il a été demandé l'application du PSA, ce qui impliquera possiblement une coupe des arbres dans la zone Natura 2000.